Mikroskopski kolitis je kronična upalna bolest debelog crijeva čija je incidencija u porastu.
Faktori koji utječu na njegovu pojavu su genetski, infekcije, upotreba nesteroidnih protuupalnih lijekova, smanjena apsorpcija žučnih kiselina i poremećaji imunološkog sustava.
Najčešći simptom je svakodnevna pojava vodenastih stolica, bez primjesa krvi.
Češće pogađa žene starije od 50 godina.
Dijagnoza se postavlja na temelju nalaza kolonoskopije (sluznica je makroskopski uredna) i uzetih uzoraka za biopsiju.